Em março de 2016, foi publicado o edital de seleção para a segunda turma de alunos. Neste momento, a UFMG e a USP, aprovadas para ingressar no ProfHistória, desistiram de concorrer à seleção, e a FURG resolveu não mais participar da rede nacional. Dessa forma, foram oferecidas 423 vagas para 27 instituições associadas, abrangendo todas as regiões do Brasil. Com a segunda turma, o ProfHistória atingiu uma dimensão nacional, permitindo impactar mais significativamente a educação básica. Inscreveram-se 3.281 candidatos e foram aprovados 794, dos quais 413 alunos se matricularam. Nessa ocasião, a CAPES manteve apenas as 128 bolsas já concedidas para a primeira turma.